自宅の売却を考え始めたものの、「売却益に大きな税金がかかるのではないか」と不安に感じる方もいるのではないでしょうか。不動産売却では、譲渡所得税をはじめ、いくつかの税金を納める必要があります。しかし、自宅の売却に関しては、税負担を軽くするための特例も多く用意されているのです。

この記事では、不動産売却に際してかかる税金の種類や知っておきたい優遇措置、確定申告の必要性など、自宅売却にまつわる税務のことをわかりやすく解説します。

不動産売却でかかる税金の種類

不動産売却時には、主に「譲渡所得税」「印紙税」「登録免許税」という3つの税金がかかります。それぞれの税金がどのようなもので、どれくらいの額が課せられるのかを正しく把握しておくことが重要です。以下では、それぞれの税金の概要を見ていきましょう。

（1）譲渡所得税（所得税・住民税・復興特別所得税）

不動産を売却して利益が出た場合、その利益に対して「譲渡所得税」を課税される可能性があります。「譲渡所得税」という言葉は、譲渡所得にかかる所得税・住民税・復興特別所得税をまとめた総称です。

譲渡所得税の大きな特徴は、売却した不動産の所有期間によって税率が変わる点です。売却年の1月1日時点での所有期間が5年を超えていれば「長期譲渡所得」、5年以下なら「短期譲渡所得」として扱われ、税率が異なる仕組みになっています。

上の表のとおり、長期譲渡所得は短期譲渡所得の約半分の税率となっているため、できれば所有期間が5年を超えてから売却したほうが節税になるでしょう。

譲渡所得の計算方法

譲渡所得税を計算するうえで注意したいのが、課税対象は売却価格そのものではなく、「譲渡所得」であるという点です。譲渡所得は、以下の計算式で算出します。

譲渡所得＝売却価格 −（取得にかかった費用＋売却にかかった費用）

「取得にかかった費用」は不動産の購入代金や購入時の仲介手数料など、「売却にかかった費用」は売却時の仲介手数料や印紙税などを指します。上記の計算により譲渡所得がプラスになった場合に、税金が課せられる仕組みです。加えて、マイホームの売却では税金の優遇制度を利用できる場合があります。詳しくはのちほど解説します。

（2）印紙税

印紙税は、不動産の売買契約書を作成した際に課される税金です。契約書に収入印紙を貼り付ける形で納付します。

不動産の売買契約書は2通作成され、売主と買主が1通ずつ保管するのが一般的です。そのため、売主と買主が各自の契約書分の印紙税を負担するケースが通例となっています。印紙税額は契約金額によって決まり、2026年3月31日までに作成される不動産売買契約書に関しては、以下のとおり軽減税率が適用されます。

契約金額ごとの印紙税率（一部抜粋）

（出典）国税庁「不動産売買契約書の印紙税の軽減措置」

（3）登録免許税

登録免許税とは、不動産の所有権移転登記や抵当権抹消登記など、登記手続きの際に納める税金のことです。売却する自宅に住宅ローンが残っている場合、通常は売却代金を使ってローンを完済することになります。その際、金融機関が設定した抵当権を抹消するための登記を申請しなくてはなりません。

抵当権抹消登記にかかる登録免許税は、不動産1つあたり1,000円です。土地と建物の両方を売却する場合は、それぞれを1つと数えるため、合計2,000円の負担となります。なお、売主から買主への所有権移転登記にかかる登録免許税や、手続きを代行する司法書士への報酬は、買主側が負担するのが一般的です。

自宅売却で使える譲渡所得税の優遇措置3選

譲渡所得税は税率が高いため、「そんなに納めなくてはならないのか」と驚く方もいることでしょう。しかし、自宅を売却する場合には、税負担を大幅に軽減できる特例が用意されています。ここでは、代表的な3つの優遇措置について解説しましょう。

居住用財産を譲渡した場合の3,000万円の特別控除

現在住んでいる自宅を売却する場合や、自宅に住まなくなってから3年が経過する年の12月31日までに売却した場合、譲渡所得から最大3,000万円を控除できる特例があります。譲渡所得が3,000万円以下であれば、この特例の適用により譲渡所得税はゼロになるのです。

ただし、この特例は後述する「買換えの特例」との併用はできません。また、売却した年やその前年・前々年にこの特例の適用を受けた場合、新居で住宅ローン控除が受けられなくなる決まりになっているため、適用を受ける際は注意しましょう。

マイホームを売ったときの軽減税率の特例

自宅を売却するにあたって、次の要件をすべて満たすことで、長期譲渡所得の税率がさらに低くなる特例もあります。

＜適用要件＞

1. 現に住んでいる自宅の売却、または住まなくなってから3年が経過する年の12月31日までの売却であること

2. 売却した年の1月1日時点で、土地と建物の所有期間がともに10年を超えていること

3. 売却した年の前年および前々年に、この特例の適用を受けていないこと

4. 売却した家屋や敷地について、ほかの特例の適用を受けていないこと（3,000万円特別控除は除く）

5. 親子や夫婦、生計を一つにする親族など、「特別の関係がある人」への売却ではないこと

この軽減税率の特例は「3,000万円の特別控除」と併用できるのが大きなメリットです。2つを組み合わせることで、税負担を大きく軽減できるでしょう。

特定の居住用財産の買換えの特例

2025年12月31日までに自宅を売却して、新たなマイホームへ買い換えた場合、譲渡所得への課税を将来に繰り延べられる制度があります。

例えば、3,000万円で購入した自宅を5,000万円で売却し、譲渡所得が2,000万円（諸経費は除く）発生したとします。この特例を適用すると、譲渡所得2,000万円への課税は行われず、次にその家を売却するときまで先送りされるのです。新居を4,000万円で購入し、将来5,000万円で売却した場合、譲渡所得1,000万円（諸経費は除く）に対して課税されるのではなく、繰り延べした2,000万円を加えた3,000万円に譲渡所得税がかかります。

この特例を受けるには、売却した自宅の居住期間が10年以上、所有期間が10年超、売却代金が1億円以下といった要件を満たさなくてはなりません。そのうえ、3,000万円特別控除との併用はできないため、どちらの特例が有利になるか慎重に検討することが求められます。

不動産売却では必ず確定申告が必要？

不動産を売却したら必ず確定申告が必要、と思われがちですが、必ずしもそうとは限りません。結論からいえば、譲渡所得が発生しない場合には、確定申告の義務はないのです。一方で、譲渡所得がプラスになる場合は、確定申告により税金を納める義務が生じます。

ここで注意したいのが、税金の優遇措置を利用する場合の扱いです。たとえば、「3,000万円の特別控除」を適用して譲渡所得がゼロになるケースでも、特例の適用を受けるためには必ず確定申告をしなければなりません。「控除で税金がゼロになるから申告は不要」というわけではない点は、しっかり覚えておきたいところです。

また、譲渡所得がマイナスになったとき、確定申告は義務ではありませんが、申告によって節税につながる可能性があります。

例えば、2025年12月31日までに、住宅ローン残債のあるマイホームを残高未満の価格でしか売却できずに損失が出た場合、要件を満たせばその損失分を給与所得などと損益通算できるのです。これを「特定のマイホームの譲渡損失の損益通算および繰越控除の特例」といい、利用するためには確定申告が必須となっています。こうした特例の適用を忘れないためには、譲渡損失が出た場合でも、確定申告するのを基本としたほうがよいでしょう。

税金の計算や特例の適用要件は複雑なため、不明な点があれば税理士や不動産会社などの専門家に相談することをおすすめします。

まとめ

不動産を売却すると、譲渡所得税や印紙税などの税金が発生します。特に譲渡所得税は大きな負担となる可能性があるものの、自宅の売却では「3,000万円の特別控除」や「軽減税率の特例」といったさまざまな優遇措置が用意されているため、実際には納税が不要となるケースも多いでしょう。

ただし、これらの特例の適用を受けるには、たとえ税額がゼロになる場合でも確定申告が不可欠です。譲渡損失が生じたときは確定申告する必要はないですが、確定申告によって別の優遇措置の適用を受けられる可能性があるため、譲渡所得の有無にかかわらず、確定申告を実施したほうがよいでしょう。